食品物料的杀菌分为热力杀菌和冷菌。食品无菌包装的物料杀菌到目前为止主要是热力杀菌，其又分超高温杀菌和高温短时杀菌两种，物料的冷杀菌方法主要指紫外线和微波杀菌。超高温杀菌是指在温度和时间分别为135-150度和2-8秒的条件下，对乳品或其他食品进行处理的一种工艺。由于它具有许多优点，特别是可以解决既能杀死产品中的微生物，又可较好的保持食品品质与营养价值这对矛盾，现已广泛应用于牛乳、果汁及果汁饮料、豆乳、茶、酒、矿泉水及其它产品的生产。

对超高温杀菌有蒸煮味的物料可采用高温短时杀菌，在温度为70-75度和时间为15-20s的条件下进行杀菌处理，此种方法可较好保持产品的营养、风味，其典型应用是对牛乳制品的杀菌以及部份蔬菜制品杀菌。

由于物料粘度、PH值、热敏性、易氧化性等特殊性，使得杀菌方法和设备也各有差别。PH值大小往往决定了物料杀菌时的温度和时间，PH值的高低取决于食品中酸性物质的多少，分离程度如何等。低酸性食品PH值大于4.6，可以为致病微生物提供理想的生长条件，腐败微生物也可良好地生长，一般采用超高温瞬时杀菌；酸性食品的PH值在3.7-4.6之间，它其中的致病菌不易生长，但腐败菌可以生长，一般采用超高温瞬时杀菌或高温短时杀菌，对低酸性食品可通过加酸或发酵的方法使之转化为酸性食品，从而降低杀菌要求，提高货架寿命，此法用于处理食品中的番茄汗、乳酪等。高酸性食品的PH值小于3.7，在此酸度下致病菌无法生长，腐败菌也无法生长，因此杀菌并不是需要特别注意的问题，保持品质成为首要目的。一般采用巴氏杀菌就可满足要求，即在62度下处理30分钟，也可用超高温瞬时杀菌或高温短时杀菌，视具体情况而定。

物料的冷杀菌方法是指根据不同场合各种杀菌剂或紫外线杀菌、辐射杀菌、微波照射杀菌等以达到杀菌目的。利用微波杀菌的效果在酱油、啤酒、牛乳等方面已得到较好验证，只是用于大规模生产的部分技术难题尚未解决。

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